Os órgãos ambientais municipais que participam do SEGRH são aqueles cujas competências se relacionam com a gestão de recursos hídricos, tais como Secretarias municipais de meio ambiente, Conselhos Municipais de Meio Ambiente (CODEMAS). Os órgãos estaduais são, por exemplo, Emater, IEF, IMA entre outros. A principal forma de participação desses órgãos é por meio dos Comitês de Bacias Hidrográficas, onde possuem assento como conselheiros.